OK, wie es aussieht habe ich den Fehler gefunden.
Habe den Debug-modus des Agent-Manager gesetzt und folgende Zeilen gefunden
21.05.2012 05:05:28 AMgr: Unable to load agent document for 'agentname' in 'filepath.nsf': Database is being Compacted; Compact must finish before use.
Es scheint als würde der Compact, der in der Nacht gestartet wird, sehr lange dauern.
Dieser führt einen Compact auf alle Datenbanken durch, die in dem Ordner liegen, in dem auch diese DB liegt.
Dann wird der compacter bei den vorherigen Datenbanken unterschiedlich lange zeit in Anspruch nehmen.
In dem Moment wo er dann bei der DB angekommen ist, kann der Agentmanager den Agenten nicht mehr laden und schmeisst ihn aus der Liste und nimmt ihn auch nicht wieder rein.
Nun habe ich aber für die selbe DB folgende Zeile gefunden und muss diesen Fehler jetzt suchen
21.05.2012 05:30:08 Error compacting filepath.nsf: View and Design notes can only be deleted by using NIFUpdateNote or NIFDeleteNote.