Hast Du schon mal den ganzen Workspace gelöscht. Der wird dann beim nächsten Start neu erstellt.
Dabei wird kontrolliert, ob Du alle notwenidgen Dateien im Zugriff hast.
Hast Du die Pfade verändert? Wen ja, musst Du das für Deine Eclipse Umgebeung und für die Registry angeben.
Jürgen