dieses problem tritt eigentlich häufig bei (mail-)datenbanken auf, die ihr design nicht aus einer schablone ziehen. dann wird nämlich der haken, der das gestaltungsupdate verhindert, nicht gesetzt (wozu auch, es is ja keine schablone eingetragen ...).
das einige ordner dieses flag haben und andere nicht, könnte z. b. daher kommen, das irgendwann mal eine schablone eingetragen wurde (ab diesem zeitpunkt wird der haken gesetzt), diese schablone jedoch gar nicht existiert bzw. nicht im zugriff ist. das würde erklären warum die anderen ordner immer noch vorhanden sind. sonst wären sie ja bei einem "normalen" designupdate (im normalfall jede nacht) bereits verschwunden.
um abhilfe zu schaffen würde ich z. b. empfehlen einen agenten zu schreiben der über die designelemente läuft und in den Ordnern ein "P" im "$Flags" Feld hinzufügt. Danach sollte alles wieder "grün im Bereich" sein
have fun