OK, jetzt hab ich das nochmal genauer gelesen (sollte man öfter machen ).
IMHO ist da einfach das Netzwerk/der Server zeitweise überlastet und braucht länger -> Notes läuft in ein Timeout.
Setz mal das TCP/IP Timeout in den User Preferences höher.
Ansonsten würd ich mir mal die Netzwerk-Konfig anschauen (neue NIC-Treiber, 100 Mbit anstelle von Autodetect einstellen, ...).